Se trata de un monasterio cluniacense de los siglos XI- XIV. Dispone de treinta y tres habitaciones dobles y cuatro suites, salas para reuniones y un restaurante que prepara comida tradicional castellana.
Fundado en el siglo X con el nombre de San Juan Bautista y reformado en el siglo XI. Más tarde tomaría el nombre de San Zoilo. Estuvo adscrito originariamente a la orden de los benedictinos, pero a lo largo de los siglos ha estado en manos de cluniacenses y jesuitas, y hasta hace muy poco tiempo funcionó como Seminario Menor.
Destaca para visita el Claustro, plateresco, obra de Juan de Badajoz, Pedro Torres, Juan de Bobadilla, Juan de Celaya y Miguel Espinosa entre otros. Las obras comenzaron en el 1537 y terminaron en 1604. Está compuesto por galerías, arcos, molduras, medallones y columnas con cabezas de patriarcas, santos y reyes de fina escultura.