En el lugar donde se asienta la actual catedral, existió en el siglo X una iglesia hispano-visigoda anterior, sede diocesana creada por San Torcuato en el siglo I, por lo que es probable que Guadix fuera una de las primeras sedes episcopales de España. En esta iglesia se instaló la mezquita mayor de la ciudad, en tiempos de la dominación musulmana. Tras la reconquista de la ciudad en 1489, se restableció la sede episcopal, denominada Iglesia de Santa María de la Encarnación, que, situada en la misma mezquita, pasó a ser catedral por bula del papa Inocencio VIII, realizándose en ella algunas obras de ampliación dirigidas por Pedro de Morales. Pronto se pensó en erigir una catedral nueva, que estuviera a la altura de la ciudad recientemente cristianizada y que fuese un símbolo para la población. Sin embargo, el proyecto gótico ya estaba anticuado para los tiempos que entonces corrían y muchas personas, entre ellas el cardenal Ávalos, pidieron que la nueva catedral fuese más moderna. Se encargan entonces a Diego de Siloé los planos del templo en 1549, en los que se nota la influencia de las catedrales de Málaga y Granada. La obra de Siloé se concreta en el ábside, parte del crucero, la capilla de Don Tadeo y parte de la sacristía.
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Most notably Luciano Paniagua Montes.