L'église actuelle a été construite au début du 12ème siècle, mais les origines de l'abbaye sont beaucoup plus anciennes. La légende fait remonter la fondation de Sant'Antimo au IXe siècle, à l'époque du Saint-Empire romain, dirigé par l'empereur Charlemagne, qui est considéré comme le fondateur d'une chapelle, appelée chapelle carolingienne, et qui correspond à la sacristie